目录结构是按功能分，还是按模块分好？

现在的大部分架构都是按功能分的，一个人写一些小项目很方便　，但是如果项目模块多了以后 多人分工以后，做一个功能需要在各个目录里来回穿插，而且象每个模块都有自己的配置参数，都写到一起很乱　每个模块还有不同的layout头尾，包括的共同头里加载的js,css也不一样　如果目录结构按模块分是不是更合理些？比如

modules 　　modA 　　　　conf 　　　　route 　　　　view 　　　　hook 　　modB 　　modC …